No dia 2 de março de 2016 foi feito o lançamento da nova raiz certificadora da ICP-Brasil, versão 5 (v5). Após esta atualização, em se tratando do emissor da NS, os certificados digitais, modelos A1 ou A3, que já utilizam esta cadeia, não consegue ser encontrados para importação no integrador. Isso ocorre porque, mesmo a cadeia já tendo sido analisada e aprovada pelos navegadores como Google Chrome, Mozilla e Internet Explorer e outros, só é reconhecida nativamente nas versões atuais destes. Em versões antigas, o Certificado Raiz v5 não é reconhecido como confiável, sendo necessário fazer uma instalação manual para que este possa ser reconhecido.
Conclusão do problema:
Caso você verifique que seu certificado está comunicando normalmente no portal eCAC, através do link: https://cav.receita.fazenda.gov.br/eCAC/publico/login.aspx, sendo testado através do Internet Explorer (IE), mas, ao tentar configurá-lo no emissor, ele não conste na lista de certificados instalados, pode ser uma indicativa de que você está enfrentando este problema. Para certificar-se, entre no IE e vá em Opções da Internet > Conteúdo > Certificados; selecione o arquivo correspondente e clique em Exibir. Caso você se depare com a mensagem: “Este certificado não pode ser verificado junto a uma autoridade de certificação confiável.” (veja Figura 1), prossiga com o passo a passo presente a seguir, neste artigo.
Figura 1

Como ajustar:
Para fazer a instalação do raiz v5 no repositório correto, entre no link: http://www.iti.gov.br/icp-brasil/navegadores/188-atualizacao/4527-internet-explorer e siga o passo a passo de instalação a seguir.
Passo 1 – Dê um clique na palavra “clique”, para poder fazer o download do certificado raiz;

Passo 2 – Vá até o local onde você salvou o arquivo, selecione-o com o botão direito do mouse e escolha a opção “Instalar Certificado” para “Máquina Local”;

Passo 3 – Avance até chegar na tela de seleção do repositório de instalação. Escolha “Colocar todos os certificados no repositório a seguir” e, em seguinda, “Autoridades de Certificação Raiz Confiáveis” (Figura 1); prossiga até finalizar a instalação, confirmando todas as permissões;

Passo 4 – Vá até o Internet Explorer e clique em Opções da Internet > Conteúdo > Certificados > Autoridades de Certificação Raiz Confiáveis e verifique se a raiz v5 estará listada;

Passo 5 – Volte ao link onde você fez o download do certificado raiz e procure pela seção “Autoridades Certificadoras de níveis intermediários da ICP-Brasil”, e dê um clique na palavra “clique” para fazer o download do restante da certificação;

Passo 6 – Repita o “Passo 2” deste artigo e depois prossiga com a instalação até o final (desta vez, não é necessário selecionar o repositório a ser instalado).
Após seguir estes passos, volte a acessar Opções da Internet > Conteúdo > Certificados eselecione o arquivo correspondente e clique em Exibir. Você deverá deparar-se com a mensagem da imagem a seguir:
Caso a instalação tenha sido feita corretamente e você se depare com esta mensagem, então conseguirá importar o certificado digital no emissor. Caso ainda persista com o erro, entre em contato com nossa equipe de Suporte Técnico, será um prazer atendê-lo.
Fontes:
http://www.iti.gov.br/noticias/indice-de-noticias/5198-e-hora-de-atualizar-para-a-cadeia-v5
http://www.iti.gov.br/icp-brasil/navegadores/188-atualizacao/4527-internet-explorer